Отправлено: 02.02.10 17:44. Заголовок: Вич инфекция

Со СПИДом как-то с самого начала обнаружения этой пандемии было все ясно. «Ну, появился новый вирус, но он же не передается через рукопожатие и при чихании, значит и проблем не должно быть» — говорили нам заслуженные победители эпидемий. «Создадим вакцину, и покончим с ВИЧ как недавно с возбудителем натуральной оспой» — говорят хором они сегодня. А пока вакцины нет, то главное в борьбе с пандемией — это безопасный секс, одноразовые шприцы, обеспечение прав ВИЧ-инфицированных, да еще деньги, как можно больше денег на вакцину, на презервативы, одноразовые шприцы и правозащитную пропаганду — и это уже стандарт ВИЧ/СПИД-политики цивилизованного государства. Сегодня вряд ли есть другой микроорганизм, изученный столь обстоятельно как ВИЧ, а результатов в борьбе с вызванной им пандемией, нет. Значит дело не в ВИЧ, а в том процессе, индикатором которого он является. Так с чем же тогда в действительности мы столкнулись в эту пандемию?

 Отправлено: 02.02.10 17:45. Заголовок: Геном человека

Рассматривать ВИЧ как самостоятельное явление природы можно было в 1980-х г., но никак не сегодня, когда уже расшифрован геном человека. Результаты этой грандиозной работы стали неожиданностью для самих генетиков. Нечто подобное ждали, но что бы оказалось так как оказалось, никто из известных в 1990-х гг. генетиков и не помышлял. Почти половину генома человека составляют различные транспозируемые элементы и только один процент — это кодирующие последовательности, экзоны, на изучении которых строилась вся генетика человека в ХХ столетии.
Нуклеотидные последовательности, входящие в состав генома человека*

Тип последовательности
Содержание, %

Экзоны генов -- 1

Интроны генов -- 25

Транспозируемые элементы -- 45

Большие дупликации -- 5

Простые повторы (микросателлиты) -- 3

Другие межгенные последовательности -- 20


* Из книги Тарантул В.Э., 2003

 Отправлено: 02.02.10 17:49. Заголовок: Ретровирусы и ретроэлементы человека в эволюционном аспекте

Обнаруженные в геноме современного человека L1 ретротранспозоны имеют свою собственную эволюционную историю, начавшуюся еще с мезозойской эры (по нашему летоисчислению — это не менее 100 млн лет); т. е. в известном нам виде они существовали еще до появления класса млекопитающих (Furano A. V., 2000). Эффективно дуплицируя сами себя, L1 играют ключевую роль в увеличении генома вида посредством размножения нетранспозируемых Alu- и SVA-элементов, и образования ретропсевдогенов. Приведу только один пример участия L1 ретротранспозонов в эволюции человека — образование секретируемых форм человеческого трансмембранного белка аттрактина. L1 обеспечил преждевременный стоп-кодон и полиаденилационный сайт, ответственные за синтез усеченного растворимого аттрактина. Обе формы, трансмембранный и растворимый белки, вовлекаются в клеточные взаимодействия при воспалительном процессе. В данном конкретном случае вставки L1 ретроэлементов создали для вида Homo sapiens более тонкие механизмы регуляции воспалительных ответов (Tang W. et al., 2000).

Среди других семейств ретроэлементов, Alu наиболее многочисленны в геноме человека. Они представлены более чем 1,4 млн копий, которые соответствуют 10 % всей массы генома. Их число продолжает расти, и они встраиваются во все новые сайты с частотой примерно одно новое встраивание на 100–200 новорожденных (Аст Г., 2005 ) .

 Отправлено: 02.02.10 17:49. Заголовок: Почему-то вот так

Известно, что обезьяны Нового Света (New World monkeys, NWMs) обычно либо вообще не имеют, либо имеют только сильно редуцированные копии эндогенных ретровирусов большинства классов (Greenwood A. D. et al., 2005). Объяснение причин отсутствия следов «ретровирусных атак» в геноме обезьян Нового Света представляет собой не менее интересную задачу, чем объяснение их наличия для обезьян Старого Света. Получается, что существуют либо неизвестные источники ретровирусов для приматов (и с ними не соприкасались приматы Американского континента — в качестве таких источников мы предполагаем почвенных амеб; см. Супотницкий М.В., 2006), либо в природе имеются какие-то терминаторы ретровирусных эпизоотий, которые не представлены в Старом Свете. А вот результат эволюции без «эндогенизации» ретровирусов, как говорится, «на лицо». Обычно обезьян Нового Света относят к надсемейству примитивных широконосых обезьян. Это мелкие обезьяны с широкой хрящевой носовой перегородкой, с направленными вперед ноздрями, когтеобразными ногтями и хватательным хвостом. Большой палец не противопоставляется другим, полушария мозга гладкие. Свою цену за эволюцию они явно не заплатили.

 Отправлено: 02.02.10 17:50. Заголовок: Совсем забыл о этом

Словарь терминов
Анагенез — тип эволюционного процесса, близкий к прогрессу. Для него характерны возникновение нового типа организации и расцвет группы. Характеризуется усложнением органов, совершенствованием их деятельности и автономизацией развития.

dN/dS-соотношение — соотношение несинонимических замен (dN) к синонимическим заменам (dS). Используется для выявления филогенетических различий между геномами (их филогенетическими ветвями), сравниваемых по нуклеотидным последовательностям. Мутации, которые ведут к несинонимичным аминокислотным заменам, наиболее вероятно нарушают функции белковой молекулы, чем мутация, приводящая к синонимичной замене (привести примеры). Соотношение dN/dS меньше 1 показывает, что в отношении данного признака имела место очищающая селекция (purifying selection); больше 1, то имела место позитивная селекция; и обратно, если селекции не было (нейтральная эволюция), то соотношение должно быть равным 1.

Дивергенция — расхождение признаков организмов в ходе эволюции.

Естественный отбор — преимущественное выживание особей, более приспособленных к конкретным условиям среды, что приводит к изменению выраженности тех или иных признаков в ряду поколений популяции; основной фактор эволюции живой природы.

Интрон — часть гена, переписывающаяся в РНК, но затем из нее удаляемая ферментативным путем при образовании зрелой мРНК; эта часть не кодирует белок.

Кладогенез (син. истинное видообразование, дихопатрическое видообразование) — форма эволюции группы живых организмов, приводящая посредством дивергенции к увеличению числа отграниченных друг от друга видов, родов, семейств.

Обратная транскриптаза — фермент, осуществляющий ДНК-зависимый синтез ДНК и синтез ДНК на матрице РНК (обратная транскрипция); кроме того, фермент обладает активностью РНКазы Н (т.е. разрушает цепь РНК, входящую в состав ДНК/РНК-дуплекса). Синтезирует двуцепочечную ДНК на матрице геномной РНК ретровирусов, подготавливая ее для интеграции в геном клетки-хозяина.

Обратная транскрипция — комплементарный синтез ДНК на матрице РНК при участии обратной транскриптазы.

Прокариоты (доядерные) — организмы, не обладающие типичным клеточным ядром и хромосомным аппаратом. К ним относят бактерии, риккетсии, микоплазмы и др.

Ретровирусы — РНК-содержащие вирусы, имеющие в своем составе фермент обратную транскриптазу, копирующий РНК в ДНК, интегрирующуюся затем с геномом организма-хозяина.

Ретротраспозоны — транспозоны, механизм транспозиции (перестановки по геному) которых полностью совпадает с частью жизненного цикла ретровируса, однако они лишены функциональной белковой оболочки и могут перемещаться лишь внутри какой-нибудь одной клетки и быть переданы ее потомкам.

Сплайсинг — процесс «сшивки» молекул мРНК кодирующих участков (экзонов) после вырезания из первичного транскрипта (предшественника мРНК, пре-мРНК) последовательностей, не несущих никакой информации (интронов).

Сплайсинг альтернативный — соединение экзонов данного гена в разных комбинациях с образованием различающихся зрелых молекул мРНК.

Сплайсинга сайт — каноническая последовательность динуклеотидов на границе экзон-интронных областей; необходима для правильного сплайсинга. Транспозаза — фермент, участвующий в транспозиции (перемещении из одного сайта в другой) некоторых мобильных генетических элементов.

Эволюция: 1) в биол. преобразование формы и образа жизни организмов, в результате чего потомки приобретают другие черты, отличающие их от предков; 2) в широком смысле — синоним развития; в более узком смысле — один из основных типов развития: медленные, постепенные количественные и качественные изменения, в отличие от революции. При этом каждое новое состояние объекта имеет по сравнению с предшествующим более высокий уровень организации и дифференциации функций.

Экзон — часть гена, кодирующая участок структуры его продукта (белка, РНК) в ходе экспрессии гена экзоны образуют зрелую информационную РНК.

Экзонизация — процесс, посредством которого ген может приобрести новый альтернативный сайт сплайсинга. Обычно это происходит в результате мутации в уже существующей интронной последовательности гена, которая приводит к ее превращению в кодирующий регион мРНК, т.е. в экзон.

Эукариоты — организмы, у которых: 1) имеется ядро, где содержатся хромосомы; 2) в цитоплазме присутствуют различные органеллы — митохондрии, хлоропласты и т. д. К ним относятся животные, растения, грибы, некоторые водоросли.

 Отправлено: 02.02.10 17:53. Заголовок: Подумать над этим :

Эукариотические виды существуют, эволюционируют и исчезают в тесном ретровирусном «объятии». Пандемии ретровирусных инфекций представляют собой «слоеный пирог». Его самый «верхний слой» составляют ретровирусы, активно размножающиеся в цитоплазме клеток хозяина; самый «нижний» представлен репликационно-активными формами эндогенных ретровирусов. «Слои» «переложены» экзонами и интронами генов, ретротранспозируемыми и регуляторными элементами, псевдогенами и др. последовательностями генома хозяина. Раскрытие взаимоотношений между ними, скорее всего, составит основное содержание генетики на ближайшие десятилетия. Наше собственное место в природе, особенно в сравнении с тем, которое занимают ретровирусы, очень невелико. ВИЧ/СПИД-пандемия не является отдельной самостоятельной пандемией, вызванной проникновением в человеческие популяции нового вируса. Она «верхушка» более сложного природного явления — эволюционного процесса, который представляется нам в маске инфекционного. В эволюции гоминоидов ВИЧ и подобные ему ретровирусы играют роль фактора естественного отбора, ускоряющего процессы, определяемые в их геноме активностью HERV-K (HML-2) и других эндогенных ретроэлементов. Пандемия ВИЧ/СПИДа — это терминация неадаптивного вида, она имеет критическое значение для нашего существования как биологического вида. И надо было быть слишком нелюбопытным, что бы за 25 лет пандемии ВИЧ/СПИДа «не заметить», что это совершенно иной процесс, чем пандемии гриппа, натуральной оспы или чумы.

 Отправлено: 02.02.10 17:56. Заголовок: Вот так

Для всех, кого интересует данное направление, думаю будет познавательным побродить по сайту http://www.supotnitskiy.ru/book/book4.htm
Именно оттуда вышерасположенная инфа.